Создание ботанического сада в 1922г. на Урале связано с именем выдающегося ученого -ботаника профессора А.Г.Генкеля.

Позднее, в 1927г., саду университета было присвоено его имя.

В ботаническом саду в разные годы проводили научные исследования известные ученые: академик А.А.Рихтер, профессора Л.А.Сабинин, П.А.Гекель и др.

Ботанический сад университета был широко известен на Урале как центр по выведению новых сортов плодовых деревьев. Он входит в состав регионального совета ботанических садов Урала и Поволжья, который насчитывает 18 садов и дендрариев.

В связи с присвоением ботаническому саду в декабре 1993г. статуса научного подразделения создана научно-исследовательская группа под руководством профессора Е.И.Демьяновой, объединяющая сотрудников кафедры ботаники и генетики растений.

Тема научной работы сада - интродукция и биология семенного размножения декоративных древесно-кустарниковых и травянистых растений.

Научно - исследовательская группа через хоздоговорную тематику связана с Пермским областным комитетом охраны природы. Это предопределяет возможность организации на базе ботанического сада экологоботанического центра, что позволит расширить коллекции декоративных древесно-кустарниковых и многолетних растений и создать условия для пропаганды экологических и ботанических знаний среди населения.

В коллекциях ботанического сада сосредоточено свыше 1300 видов и сортов интродуцированных растений, произрастающих в условиях как закрытого, так и открытого грунта. Из них особое значение имеют коллекции тропических и субтропических растений - 450 видов и сортов, поддержанию и увеличению которых много сил отдает старейший сотрудник ботанического сада биолог Л.И.Матвиенко.

Сохранились мемориальные посадки, относящиеся ко времени организации сада: липовая аллея, отдельные экземпляры берез, вязов, ивы белой и др.

Ботанический сад является важным центром учебной, научной и культурно-просветительной работы в городе и области.

В саду проходят учебную и производственную практику студенты биологического факультета.

Сотрудниками сада ведется активная работа по распространению ботанических и природоохранительных знаний среди населения, организуются консультации учителям-биологам, садоводам-любителям, разрабатываются научные и научно-практические рекомендации работникам, занимающимся озеленением территорий промышленных предприятий, обеспечением посадочным материалом.

Решением Пермского облисполкома в 1989г. территория ботанического сада объявлена государственным памятником природы.