Лаборатория генетических и геномных технологий

Скачать информационный буклет о Лаборатории генетических и геномных технологий (pdf)

История

Научно-исследовательская лаборатория сформировалась в 2020 году как центр инновационных исследований мирового уровня в области генетических и геномных технологий (решение Ученого совета ПГНИУ от 26 ноября 2020 года, приказ врио ректора № 794 от 8 декабря 2020).

На базе лаборатории проводится образовательная деятельность с целью подготовки квалифицированных выпускников бакалавриата и магистратуры по направлению «Биология», включая профили «Генетика» и «Геномика и биоинформатика»; аспирантуры по направлению «Биологические науки», профиль «Генетика»; а также повышения квалификации и/или переподготовки.

Направления научных исследований

- Идентификация и характеристика микроорганизмов на основе молекулярно-генетического анализа.
- Изучение функциональных генов деструкции токсичных (хлор)ароматических соединений у бактерий.
- Конструирование бактерий (клеточных биосенсоров) для детекции стойких органических загрязнителей окружающей среды.
- Структурно-функциональный анализ геномов растений; секвенирование последовательностей ДНК редких и ресурсных видов растений.
- Изучение мобильных генетических элементов у бактерий и растений.
- Формирование принципов множественного молекулярно-генетического геномного маркирования и концепции идентификации и оценки состояния генофондов ресурсных видов растений.
- Молекулярно-генетическая идентификация и паспортизация популяций и видов растений.
- Использование молекулярного штрихкодирования для решения проблем сохранения биоразнообразия. Выявление генетической детерминанты формирования практически значимых признаков растений.
- Оценка состояния генофондов ресурсных видов растений.
- Разработка рекомендаций по сохранению генетических ресурсов Пермского края и модельной системы оптимизации сохранения генетического разнообразия ресурсных видов растений.
- Молекулярно-генетический анализ физических качеств человека, включая анализ генетической предрасположенности к занятиям определенными видами спорта (единоборства);
- Молекулярно-генетический анализ популяций рыб и пород лошадей.

Международное сотрудничество
• Federal Research  and  Training Centre for Forests, Natural Hazards and Landscape (BFW), Vienna, Austria,  Berthold Heinze;
• Institut National de la Recherche Agronomique Centre National de la Recherche Scientifique, Patricia Faivre Rampant
•National center for biotechnology, (Republic of Kazakhstan; Nur-Sultan); Nazarbayev University (Republic of Kazakhstan; Nur-Sultan), Ruslan Kalendar



Заведующий кафедрой ботаники и генетики растений,
ведущий научный сотрудник, д. б. н. по специальности «Генетика», профессор,
Почетный работник высшего профессионального образования РФ
Светлана Витальевна Боронникова
(342) 2-396-229
Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

 
Результаты научной деятельности с 2016 года
Монографии
1. Султангазина Г.Ж., Куприянов А.Н., Боронникова С.В., Бейшова И.С., Бельтюкова Н.Н., Ульянов В.А., Бейшов Р.С., Сбоева Я.В. Редкие виды растений Северного Казахстана: монография – Костанай, 2020. – 260 с.
2. Султангазина Г.Ж., Куприянов А.Н., Боронникова С.В., Бейшова И.С., Бельтюкова Н.Н., Ульянов В.А., Бейшов Р.С., Сбоева Я.В. Рекомендации по сохранению редких растений Северного Казахстана – Костанай, 2020. – 70 с.

Патенты
1. Патент РФ № 2628704 от 21.08.2017 «Способ детекции ионов меди в окружающей среде и биосенсер для его осуществления».
2. Патент РФ № 2639237 от 20.12.2017 «Рекомбинантная плазмидная ДНК pClcRFP, кодирующая продукцию флуоресцентного белка RFP, для определения биодоступных хлорированных катехолов, их аналогов и тяжелых металлов».
3. Международный патент (Республика Казахстан) на полезную модель №5485 «Способ генетической идентификации редких видов растений с использованием генетического паспорта» от 11 марта 2020 года

Проекты
1. Министерство образования и науки РФ, задание № 2014/153 на выполнение государственных работ в сфере научной деятельности в рамках базовой части государственного задания Минобрнауки России, НИР «Молекулярно-генетический анализ и оценка состояния популяционных систем ресурсных видов растений в связи с задачами их сохранения и рационального использования» (2014-2016). Руководитель.
2. В рамках Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» (Соглашение № 14.574.21.0028) «Создание биосенсора для детекции и мониторинга стойких органических загрязнителей (полихлорированных бифенилов) в компонентах окружающей среды с использованием бактериальных клеток и микрожидкостного чипа» (2014-2015), отчеты до 2020 года. Отв. исполнитель.
3. Международная исследовательская группа ученых  (МИГ) на базе государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования и (или) научной организации Пермского края "Разработка технологии молекулярно-генетической идентификации популяций растений для контроля легальности заготовки древесины в Пермском крае» (2019-2021). Руководитель.
4. Проект, полученный по результатам конкурса иностранных фондов республиканское государственное предприятие на праве хозяйственного ведения «Костанайский государственный университет им. А.Байтурсынова» Министерства образования и науки Республики Казахстан «Молекулярно-генетический анализ генофондов популяций редких видов растений Северного Казахстана» (2018-2020). Исполнитель.
5. Проект тематики научных исследований, включаемых в планы научных работ научных организаций и образовательных организаций высшего образования, осуществляющих научные исследования за счет средств федерального бюджета (госзадание Министерства науки и высшего образования РФ) «Разработка новых подходов поиска, синтеза и биотрансформации сложных органических соединений для медицины и биотехнологии» № FSNF2020-0008 (2020-2022). Руководитель подпроекта.

Публикации в журналах, цитируемых в Scopus и Web of Science
1. Nechaeva Yu. S., Julanov A. A., Boronnikova S. V., Prishnivskaya Ya. V. Nucleotide polymorphisms of candidate genes of adaptive significance in the Ural populations of Larix sibirica Ledeb. Russian Journal of Genetics. 2017. Vol. 53. №5. P. 587- 595.Scopus CiteScore2017=0.8 SJR Q4, WoS Q4. Оригинал: Нечаева Ю. С., Жуланов А.А., Боронникова С.В., Пришнивская Я.В. Нуклеотидный полиморфизм адаптивно значимых генов-кандидатов в популяциях Larix sibirica Ledeb. Урала // Генетика 2017. Т. 53. № 5. С. 591-600. Scopus CiteScore2017=0.8 SJR Q4, WoS Q4 DOI:10.1134/S1022795417050064
2. Komarova L.V., Kostitsyna N.V., Boronnikova S.V., Melnikova A.G. Genetic structure of natural populations of starlet (Acipenser ruthenus L.) in the catchment basis of the Kama and Ob rivers on polymorphic ISSR markers. 2018. Sel'skokhozyaistvennaya Biologiya 2018. Vol. 53. № 2. P. 348-354.Scopus CiteScore2018=0.6 SJR Q3. Оригинал: Комарова Л.В., Костицына Н.В., Боронникова С.В., Мельникова А.Г. Генетическая структура естественных популяций стерляди (Acipenser ruthenus L.) в бассейнах рек Кама и Обь на основании полиморфизма ISSR-маркеров // Сельскохозяйственная биология. 2018. Т.53, №2.С.348- 354.Scopus CiteScore2018=0.6 SJR Q3 DOI: 10.15389/agrobiology.2018.2.348eng.
3. Boronnikova S.V., Vasilyeva Yu. S., Burlutskaya M.Y., Gavrikova E.P. Genetic polymorphism of sportsments with different sports experience 2019. Ekologiya Cheloveka 2019. Vol. 8. P. 50-57.Scopus CiteScore2018=0.6 SJR Q3. Оригинал: Боронникова С.В., Васильева Ю.С., Бурлуцкая М.Ю., Гаврикова Е.П. Генетический полиморфизм спортсменов с разным спортивным стажем // Экология человека. 2019. №8. С. 50-57. Scopus CiteScore2018=0.6 SJR Q3 DOI: 10.15389/agrobiology.2018.2.348eng DOI:10.33396/1728-0862-8-50-58
4. Vasilyeva Yu. S., Zhulanov A. A., Boronnikova S. V., Yanbaev Yu. A. Genetic structure of ural populations of Larix sibirica Ledeb. on the base of analysis of nucleotide polymorphism. Silvae Genetica. 2020. № 69. P. 20-28. Scopus CiteScore2019=11.1 SJR Q2 WoS Q4 DOI:10.2478/sg-2020-0004.Scopus CiteScore2019=11.1 SJR Q2 WoS Q4.
5. Vasilyeva Yulia S., Sboeva Yana V., Boronnikova Svetlana V., Chertov Nikita V., Beltyukova Nadezhda N. Genetic diversity, genetic structure and differentiation of Siberian larch populations in the Urals. Turczaninowia. 2020. Vol.23 No3. P. 67- 82.Scopus CiteScore2019=0.5 SJR Q3.Оригинал: Васильева Ю.С., Сбоева Я.В., Боронникова С.В., Чертов Н.В., Бельтюкова Н.Н. Генетическое разнообразие, генетическая структура и дифференциация популяций лиственницы сибирской на Урале // Turczaninowia. 2020. Т.23 №3. С. 67-82. Scopus CiteScore2019=0.5 SJR Q3 DOI:10.3390/ijms20051201.
6. Kalendar R., Muterko A., Boronnikova S. Retrotransposable elements: DNA fingerprinting and the assessment of genetic diversity Methods in molecular biology. №2222. CiteScore2019=1.8 SJR Q3 DOI:10.1007/978-1-0716-0997-2_15.
7. Kalendar R., Boronnikova S., Seppänen M. Isolation and purification of DNA from complicated biological samples Methods in molecular biology. №2222. CiteScore2019=1.8 SJR Q3 DOI:10.1007/978-1-0716-0997-2_3 и другие.



Ведущий иностранный ученый проекта Международной исследовательской группы (МИГ), реализуемый в ПГНИУ; в.н.с. Назарбаев Университета; зав. лаб. геномики растений и биоинформатики РГП «Национальный центр биотехнологии» (Республика Казахстан, г. Нур-Султан), профессор биологии, доцент университета Хельсинки, к.б.н по специальностям «Молекулярная генетика», «Молекулярная биология»
Руслан Николаевич Календарь


Результаты научной деятельности с 2016 года
Патенты
1. Хапилина О.Н., Райзер О.Б., Календарь Р.Н., Раманкулов Е.М. Набор синтетических олигонуклеотидов для детекции полиморфизма генов β-амилазы у сортов мягкой пшеницы и ее дикорастущих сородичей. Патент № 5647 на полезную модель от 17.09.2020.
2. Календарь РН, Раманкулов ЕМ, Бектаев РТ 2020. Экспресс-метод мультиплексного определения качественного состава мясомолочной продукции на основе ПЦР: Заявка на патент № 5648 от 10.08.2020.
3. Календарь РН, Раманкулов ЕМ 2020. Способ амплификаций палиндромных последовательностей «PST-PCR» для прогулки по хромосомам. Патент № 5450 на полезную модель от 24.04.2020.
4. Календарь Р.Н., Хапилина О.Н., Тагиманова Д.С., Аменов А.А., Раманкулов Е.М. 2018. Способ выделения и очистки общей ДНК из биологических образцов. Патент № 2722 на полезную модель от 21.12.2016.
5. Календарь РН, Хапилина ОН, Филиппова НИ, Аменов АА, Новаковская АП, Туржанова АС, Увашов АО, Данияров АЖ, Раманкулов ЕМ 2017. Набор синтетических олигонуклеотидов для генотипирования растений семейства бобовых методом полимеразной цепной реакции. Патент № 2531 на полезную модель от 21.12.2016.
6. Календарь РН, Новаковская АП, Хапилина ОН, Тагиманова ДС, Раманкулов ЕМ 2017. Способ экстракции геномной ДНК пшеницы, обогащенной последовательностями генов. Инновационный патент 32271 от 5.01.2016.
7. Хапилина ОН, Купешев ЖС, Данилова АН, Новаковская АП, Тагиманова ДС, Календарь РН, Муканов КК 2017. Способ получения стерильных проростков родиолы розовой (Rhodiola rosea L.) для эксплантирования в культуру in vitro. Патент на полезную модель N.95854 от 16.05.2016.

Проекты
1) PI, grant: “Development of new technology of genetic identification of wheat varieties with economically valuable traits”. Funded by Ministry of Education and Science of the Republic of Kazakhstan; Astana 2014-2016.
2) PI, grant: “The study of genetically geographic diversity of natural populations of Rhodiola rosea L. in Kazakhstan by sequencing the non-coding part of the genome (non-transcribed spacers and introns of genes)”. Funded by Ministry of Education and Science of the Republic of Kazakhstan; Astana 2015-2017.
3. PI, grant: “Development of methods for detection of genetically modified crops with LAMP method and indirect methods for unknown genetic engineering structures”. Funded by Ministry of Education and Science of the Republic of Kazakhstan; Almaty 2015-2017.
4. PI, program “Increasing the productivity of perennial and annual forage crops, through the creation of new stress-resistant varieties with improved quality feed, adapted to different soil and climatic conditions of Kazakhstan”. Funded by Ministry of Agriculture of the Republic of Kazakhstan; Astana 2015-2017.
5. PI, grant: “Development of a novel multiplex extreme isothermal DNA amplification assay for rapid and simultaneous detection of the meat and dairy products composition”. Funded by Ministry of Education and Science of the Republic of Kazakhstan; Astana 2018-2020.
6. PI, grant: “The development of advanced technologies to produce crops resistant to stress factors in utilizing adaptive mechanisms of plants". Funded by Ministry of Education and Science of the Republic of Kazakhstan; Almaty 2018-2020.
7. PI, grant: “Organization of a biobank for microorganisms, cell cultures, genomic and genetically engineered materials for a preservation of a biodiversity and provision of a basis of biotechnology resources”. Funded by Ministry of Education and Science of the Republic of Kazakhstan; Astana 2018-2020.
8. Project work: “ISP - Isolation and Application of Plant-based Ice Structuring Proteins in Frozen Foods”, EIT Food is supported by the EIT, a body of the European Union https://www.eitfood.eu/innovation/projects/isp-isolation-and-application-of-plant-based-ice-structuring-proteins-in-frozen-foods-2019 2018-2019.
9. Project work: Grasslands as a carbon sink. Benefits and harms of ecosystem services and biodiversity. Academy of Finland https://www.luke.fi/en/projektit/juurihiili/ 2019-2021.
10. PI, grant: AP08855353 “Advanced studying the formation of stable secondary DNA structures, as applied to DNA technologies”, Funded by Ministry of Education and Science of the Republic of Kazakhstan; Nur-Sultan 2020-2022.
11. . PI, grant: Leading scientist of the international research group of scientists on the basis of the state educational institution of higher professional education of the Perm region (Ведущий ученый международной исследовательской группой ученых на базе государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования Пермского края): Научный проект международной исследовательской группой ученых (№ С-26/174.3), по теме «Разработка технологии молекулярно-генетической идентификации популяций растений для контроля легальности заготовки древесины в Пермском крае» 2019-2021

Публикации в журналах, цитируемых в Scopus и Web of Science
1. Belyayev A., Jandová M., Josefiová J., Kalendar R., Mahelka V., Mandák B., Krak K. The major satellite DNA families of the diploid Chenopodium album aggregate species: Arguments for and against the “library hypothesis” // Plos One. 2020. Vol. 15, № 10. Scopus CiteScore2019=5.2 SJR Q1 WoS IF2019=2.74 Q2 DOI:10.1371/journal.pone.0241206
2.Voronova A., Rendón-Anaya M., Ingvarsson P., Kalendar R., Rungis D. Comparative study of pine reference genomes reveals transposable element interconnected gene networks // Genes. 2020. Vol. 11, № 10. P. 1216. Scopus CiteScore2019=3.6 SJR Q1 WoS IF2019=3.759 Q2 DOI:10.3390/genes11101216
3. Alm E., Broberg E.K., Connor T., Hodcroft E.B., Komissarov A.B., Maurer-Stroh S., Melidou A., Neher R.A., O’Toole Á, Pereyaslov D. The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group (Investigators). 2020. Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020 // Eurosurveillance. 2020. Vol. 25, № 32. P. 2001410. Scopus CiteScore2019=11.1 SJR Q1 WoS IF2019=6.454 Q1 DOI:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410
4. Gorbikova E., Samsonov S.A., Kalendar R. Probing the proton-loading site of cytochrome c oxidase by time-resolved Fourier transform infrared spectroscopy // Molecules. 2020. Vol. 25, № 15. P. 3393. Scopus CiteScore2019=4.1 SJR Q1 WoS IF2019=3.267 Q2 DOI:10.3390/molecules25153393
5. Gorbikova E., Kalendar R. Comparison between O and OH intermediates of cytochrome c oxidase studied by FTIR spectroscopy // Frontiers in Chemistry. 2020. № 8. P. 387. Scopus CiteScore2019=2.5 SJR Q1 WoS IF2019=3.693 Q2 DOI:10.3389/fchem.2020.00387
6. Turzhanova A., Khapilina O., Tumenbayeva A., Shevtsov V., Raiser O., Kalendar R. Genetic diversity of Alternaria species associated with black point in wheat grains // PeerJ. 2020. Scopus CiteScore2019=3.5 SJR Q1 WoS IF2019=2.379 Q2 DOI:10.7717/peerj.9097
7. Kalendar R., Raskina O., Belyayev A., Schulman A.H. Long tandem arrays of Cassandra retroelements and their role in genome dynamics in plants // International Journal of Molecular Sciences. 2020. Vol. 21, № 8. P. 2931. Scopus CiteScore2019=5.3 SJR Q1 WoS IF2019=4.556 Q1 DOI:10.3390/ijms21082931
8. Li Sh., Ramakrishnan M., Vinod K.K., Kalendar R., Yrjälä K., Zhou M. Development and deployment of high-throughput retrotransposon-based markers reveal genetic diversity and population structure of Asian bamboo // Forests. 2020. Vol. 11, № 1. P. 31. Scopus CiteScore2019=2.7 SJR Q1 WoS IF2019=2.221 Q1 DOI:10.3390/f11010031
9. Kalendar R., Shustov A.V., Seppänen M.M., Schulman A.H., Stoddard F.L. Palindromic sequence-targeted (PST) PCR: a rapid and efficient method for high-throughput gene characterization and genome walking // Scientific Reports. 2019. № 9. P. 17707. Scopus CiteScore2019=7.2 SJR Q1 WoS IF2019=3.998 Q1 DOI:10.1038/s41598-019-54168-0
10. Nováková E., Zablatzká L., Brus J., Nesrstová V., Hanáček P., Kalendar R., Cvrčková F., Majeský Ľ., Smýkal P. Allelic diversity of Acetyl coenzyme A carboxylase accD/bccp genes implicated in nuclear-cytoplasmic conflict in the wild and domesticated pea (Pisum sp.) // International Journal of Molecular Sciences. 2019. Vol. 20, № 7. P. 1773. Scopus CiteScore2019=5.3 SJR Q1 WoS IF2019=4.556 Q1 DOI:10.3390/ijms20071773
11. Belyayev A., Josefiová J., Jandová M., Kalendar R., Krak K., Mandák B. Natural history of a satellite DNA family: from the ancestral genome component to species-specific sequences, concerted and non-concerted evolution // International Journal of Molecular Sciences. 2019. Vol. 20, № 5. P. 1201. Scopus CiteScore2019=5.3 SJR Q1 WoS IF2019=4.556 Q1 DOI:10.3390/ijms20051201
12. Kalendar R., Amenov A., Daniyarov A. Use of retrotransposon-derived genetic markers to analyze genomic variability in plants // Functional Plant Biology. 2019. Vol. 46, № 1. P. 15-29. Scopus CiteScore2019=4.6 SJR Q1 WoS IF2019=2.617 Q2 DOI:10.1071/FP18098
13. Vuorinen A.L., Kalendar R., Fahima T., Korpelainen H., Nevo E., Schulman A.H. Retrotransposon-based genetic diversity assessment in wild emmer wheat (Triticum turgidum ssp. dicoccoides) // Agronomy. 2018. Vol. 8, № 7. P. 107. Scopus CiteScore2019=1.8 SJR Q1 WoS IF2019=2.603 Q1 DOI:10.3390/agronomy8070107
14. Kalendar R., Khassenov B., Ramankulov Y., Samuilova O., Ivanov K.I. FastPCR: an in silico tool for fast primer and probe design and advanced sequence analysis // Genomics. 2017. № 109. P. 312-319. Scopus CiteScore2019=5.5 SJR Q2 WoS IF2019=6.205 Q1 Introduction on using DOI:10.1016/j.ygeno.2017.05.005
15. Muterko A., Kalendar R., Salina E. Allelic variation at the VERNALIZATION-A1, VRN-B1, VRN-B3, and PHOTOPERIOD-A1 genes in cultivars of Triticum durum Desf. // Planta. 2016. Vol. 244, № 6. P. 1253-1263. Scopus CiteScore2019=5.4 SJR Q1 WoS IF2019=3.39 Q1 DOI:10.1007/s00425-016-2584-5
16. Muterko A., Kalendar R., Salina E. Novel alleles of the VERNALIZATION1 genes in wheat are associated with modulation of DNA curvature and flexibility in the promoter region // BMC Plant Biology. 2016. Vol. 16, № 1. P. 65-81. Scopus CiteScore2019=5.0 SJR Q1 WoS IF2019=3.497 Q1 DOI:10.1186/s12870-015-0691-2
17. Kulyyassov A., Kalendar R. In silico estimation of the abundance and phylogenetic significance of the composite Oct4-Sox2 binding motifs within a wide range of species // Data. 2020. Vol. 5, № 4. P. 111. DOI:10.3390/data5040111 https://www.mdpi.com/2306-5729/5/4/111/htm
18. Kirillov S., Daniyarov A., Turgimbayeva A., Ramankulov Y., Kalendar R., Abeldenov S. Draft genome sequence of Lactobacillus salivarius KZ-NCB, isolated from chicken cecum // Microbiology Resource Announcements. 2020. № 9. DOI:10.1128/MRA.01129-20
19. Ghonaim M., Kalendar R., Barakat H., Elsherif N., Ashry N., Schulman A.H. High-throughput retrotransposon-based genetic diversity of maize germplasm assessment and analysis // Molecular Biology Reports. 2020. № 47. P. 1589-1603. Scopus CiteScore2019=1.7 SJR Q2 WoS IF2019=1.402 Q4 DOI:10.1007/s11033-020-05246-4
20. Doungous O., Kalendar R., Filippova N., Ngane B.K. Utility of iPBS retrotransposons markers for molecular characterization of African Gnetum species // Plant Biosystems. 2020. Vol. 154, № 5. P. 587-592. Scopus CiteScore2019=3.7 SJR Q2 WoS IF2019=1.787 Q2 DOI:10.1080/11263504.2019.1651782
21. Milovanov A., Zvyagin A., Daniyarov A., Kalendar R., Troshin L. Genetic analysis of the grapevine genotypes of the Russian Vitis ampelographic collection using iPBS markers // Genetica. 2019. Vol. 147, № 1. P. 91-101. Scopus CiteScore2019=2.5 SJR Q2 WoS IF2019=1.186 Q4 DOI:10.1007/s10709-019- 00055-5
22. Kalendar R., Tselykh T., Khassenov B., Ramanculov E.M. Introduction on using the FastPCR software and the related Java web tools for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis // Methods in Molecular Biology. 2017. № 1620. P. 33-64. Scopus CiteScore2019=1.8 SJR Q3 DOI:10.1007/978-1-4939-7060-5_2
23. Kalendar R., Muterko A., Shamekova M., Zhambakin K. In silico PCR tools a fast primer, probe and advanced searching // Methods in Molecular Biology. 2017. № 1620. P. 1-31. DOI:10.1007/978-1-4939-7060-5_1
24. Kalendar R., Belyayev A., Zachepilo T., Maidanyuk D., Vaido A., Schulman A.H., Dyuzhikova N. Copy-number variation of housekeeping gene RPL13A in rat strains selected for nervous system excitability // Molecular and Cellular Probes. 2017. Vol. 31, № 2. P. 1-10. Scopus CiteScore2019=3.6 SJR Q3 WoS IF2019=1.951 Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2017.02.004
25. Kalendar R.N., Aizharkyn K.S., Khapilina O.N., Amenov A.A., Tagimanova D.S. Plant diversity and transcriptional variability assessed by retrotransposon-based molecular markers // Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2017. Vol. 21, № 1. P. 128-134. Scopus CiteScore2019=0.5 SJR Q3 DOI:10.18699/VJ17.231
26. Drábek J., Jalůvková M., Kalendar R., Pinto L.F.A., Pavloušek P., Klepárník K., Frébort I. Design and validation of STR hexaplex assay for DNA profiling of grapevine cultivars // Electrophoresis. 2016. Vol. 37, № (23-24). P. 3059–3067. Scopus CiteScore2019=4.9 SJR Q2 WoS IF2019=3.081 Q2 DOI:10.1002/elps.201600068
27. Tanhuanpää P., Erkkilä M., Kalendar R., Schulman A, Manninen O  Assessment of genetic diversity in Nordic timothy (Phleum pratense L.) // Hereditas. 2016. Vol.153, №5. Scopus CiteScore2019=1.9 SJR Q2 WoS IF2019=2.412 Q3 DOI:10.1186/s41065-016-0009-x
28.Kalendar R., Muterko A., Boronnikova S. Retrotransposable elements: DNA fingerprinting and the assessment of genetic diversity Methods in molecular biology. №2222. CiteScore2019=1.8 SJR Q3 DOI:10.1007/978-1-0716-0997-2_15.
29. Kalendar R., Boronnikova S., Seppänen M. Isolation and purification of DNA from complicated biological samples Methods in molecular biology. №2222. CiteScore2019=1.8 SJR Q3 DOI:10.1007/978-1-0716-0997-2_3.



Ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной микробиологии
и биотехнологии ИЭГМ УрО РАН (ПФИЦ ), д.б.н. по специальности «Микробиология»,
профессор кафедры ботаники и генетики растений ПГНИУ
Елена Генриховна Плотникова



Патенты
1. Патент РФ № 2639237 «Рекомбинантная плазмидная ДНК pClcRFP, кодирующая продукцию флуоресцентного белка RFP, для определения биодоступных хлорированных катехолов, их аналогов и тяжелых металлов» от 20.12.2017
2. Патент RU № 2 585 537 C1 «Штамм Rhodococcus Wratislaviensis - деструктор устойчивых токсичных хлорорганических соединений» от 27.05.2016

Проекты
1.Грант РФФИ №16-44-590968_р_а «Новые бактерии-деструкторы фталатов из района солеразработок Верхнекамского месторождения: молекулярно-биологическая характеристика и биотехнологический потенциал» (2016-2018).
2.Грант РФФИ №19-44-590011 «Изучение бактерий-деструкторов моно(поли)ароматических соединений семейства Micrococcaceae, перспективных для разработки биотехнологий очистки промышленных территорий Пермского края» (2019-2021).

Публикации в журналах, цитируемых в Scopus и Web of Science
1. Plotnikova E.G., Anan’ina L.N., Ariskina E.V., Evtushenko L.I. Salinicola.  In. Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. New York: John Wiley & Sons, Inc., in association with Bergey’s Manual Trust; 2020. pp. 1–29. DOI:10.1002/9781118960608.gbm01719.
2. Plotnikova E.G., Shumkova E.S., Shumkov M.S. Whole-cell bacterial biosensors for the detection of aromatic hydrocarbons and their chlorinated derivatives (review) // Applied Biochemistry and Microbiology. 2016. Т. 52. № С. 347-357. DOI:10.1134/S0003683816040128. Оригинальная статья: Плотникова Е.Г., Шумкова Е.С., Шумков М.С. Цельноклеточные бактериальные биосенсоры для детекции ароматических углеводородов и их хлорированных производных (обзор) // Прикладная биохимия и микробиология. 2016. Т. 52. № 4. С. 353-364.
3. Kozyreva L., Egorova D., Anan’ina L., Plotnikova E., Ariskina E., Prisyazhnaya N., Radnaeva L., Namsaraev B. Belliella buryatensis sp. nov., isolated from alkaline lake water // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2016. V. 66. P. 137-143. doi.org/10.1099/ijsem.0.000682
4. Solyanikova I.P., Borzova O.V., Emelyanova E.V., Shumkova E.S., Prisyazhnaya N.V., Plotnikova E.G., Golovleva L.A. // Biochemistry (Moscow). 2016. Т. 81. № 9. С. 986-998. DOI: 10.1134/S000629791609008X. Оригинальная статья: И.П. Соляникова, О.В. Борзова, Е.В. Емельянова, Е.С. Шумкова, Н.В. Присяжная, Е.Г. Плотникова, Л.А. Головлева. Диоксигеназы, индуцирующиеся при разложении бензоата деструкторами хлорбифенилов Rhodococcus wratislaviensis G10 и хлорфенолов Rhodococcus opacus 1CP, и гены, потенциально вовлеченные в этот процесс // Биохимия. 2016.  Т. 81, вып. 3. С. 1239-1253.
5. Egorova D.O., Shestakova E.A., Plotnikova E.G., Farafonova V.V., Andreyev D.N., Maksimov A.S., Vasyanin A.N., Buzmakov S.A. Bioremediation of soil contaminated by dichlorodiphenyltrichloroethane with the use of aerobic strain Rhodococcus wratislaviensis CH628 // Eurasian Soil Science. 2017. Т. 50. № 10. С. 1217-1224. DOI: 10.1134/S1064229317100015. Оригинальная статья: Егорова Д.О., Фарофонова В.В., Шестакова Е.А., Андреев Д.Н., Максимов А.С., Васянин А.Н., Бузмаков С.А., Плотникова Е.Г. Биоремедиация почвы, длительное время загрязненной дихлордифенилтрихлорэтаном, с использованием аэробного штамма Rhodococcus wratislaviensis Ch628 // Почвоведение. 2017. Т. 10. С. 1262-1269.
6. Egorova D.O., Buzmakov S.A., Nazarova E.A., Andreev D.N., Demakov V.A., Plotnikova E.G. Bioremediation of hexachlorocyclohexane-contaminated soil by the new Rhodococcus wratislaviensis strain Ch628 // Water Air Soil Pollution. 2017. V. 228. P. 183–199. DOI: 10.1007/s11270-017-3344-2
7. Björn E. Olsson, Ekaterina S. Korsakova, Lyudmila N. Anan'ina, Anna A. Pyankova, Olga V. Mavrodi, Elena G. Plotnikova, and Dmitri V. Mavrodi. Draft genome sequences of strains Salinicola socius SMB35T, Salinicola sp. MH3R3-1 and Chromohalobacter sp. SMB17 from the Verkhnekamsk potash mining region of Russia // Standards in Genomic Sciences. 2017. 12:39. DOI: 10.1186/s40793-017-0251-5  
8. Egorova D.O., Demakov V.A., Plotnikova E.G., Pervova M.G. Specific features of chlorinated biphenyl decomposition by Rhodococcus wratislaviensis strain KT112-7 under high salt conditions // Applied Biochemistry and Microbiology. 2018. Т. 54. № 3. С. 252-261. DOI: 10.1134/S000368381803002X. Оригинальная статья: Егорова Д.О., Первова М.Г., Демаков В.А., Плотникова Е.Г. Особенности разложения хлорированных бифенилов штаммом Rhodococcus wratislaviensis KT112-7 в условиях засоления // Прикладная биохимия и микробиология. 2018. Т. 54, № 3, с. 253–263.
9. Voronina A.O., Egorova D.O., Korsakova E.S., Plotnikova E.G. Diversity of the bphA1-genes in a microbial community from anthropogenically contaminated soil and isolation of new Pseudomonas degrading biphenyl/chlorinatedbiphenyls // Microbiology (Mikrobiologiya). 2019. Т. 88. № 4. С. 433-443. DOI: 10.1134/S0026261719030172. Оригинальная статья: Воронина А.О., Егорова Д.О., Корсакова Е.С., Плотникова Е.Г. Разнообразие bphA1-генов в микробном сообществе техногеннозагрязненной почвы и выделение новых бактерий рода Pseudomonas – деструкторов бифенила/хлорбифенилов // Микробиология. 2019. Т. 88, № 4. C. 438-449.
10. Yastrebova O.V., Pyankova A.A., Plotnikova E.G. Phthalate-degrading bacteria isolated from an industrial mining area and the processing of potassium and magnesium salts // Applied Biochemistry and Microbiology. 2019. Т. 55. № 4. С. 397-404. DOI: 10.1134/S000368381904015X. Оригинальная статья: Ястребова О.В., Пьянкова А.А., Плотникова Е.Г. Бактерии-деструкторы фталатов, выделенные из района промышленной добычи и переработки калийно-магниевых солей // Прикладная биохимия и микробиология. 2019. Т. 55, № 4. С. 378-385.

Поделиться информацией: